南京南站是南京地铁1号线(运营)、南京地铁3号线(运营)、南京地铁S1号线(运营)和南京地铁S3号线(在建)的换乘车站，有4座站台，分为两组，两组站台之间有换乘通道相连;1号线和3号线站台为同台换乘的双岛式站台，位于高铁站南京南站地下;S1号线和S3号线站台为的一岛两侧式站台，位于高铁站南京南站北广场地下，共设12个出入口。南京南站地铁1号线的站厅的“爱墙”墙面上雕刻了四千多条征集而来的“爱的箴言”并组成了六个图案，分别是两手相握，两手相牵，两手组成爱心状，六块凹凸不平的大理石上还有六个艺术字体，从左到右分别是：仁爱、博爱、兼爱。此外，整个站厅层共悬挂了22块内容各异的圆形紫铜浮雕，内容包括“金陵十二景”等。开通历史编辑南京南站1号线车站在南京地铁1号线南延线运营初期并未开通，于2011年6月28日，京沪高铁开通前两天正式启用。南京地铁S1号线车站于2014年7月1日开通。南京地铁3号线车站于2015年4月1日开通。

车站结构1号线和3号线车站为地下两层双岛车站，总建筑面积52966m²，地下一层为站厅层，地下二层为站台层，南京地铁1号线和南京地铁3号线在地下二层同台换乘。

车站周边南京汽车客运南站南京证大喜玛拉雅中心

主题车站地铁南京南站于2011年6月28日开通，该站站厅层有一面20多米长的“爱墙”，成为南京新符号。爱墙上，书写着4000多人对于爱的感悟，这在国内还是首创。[1] “爱墙”设置在地铁南京南站地下一层的站厅，长21.6米，高3米，离地0.6米，用10厘米厚的白色大理石制成。征集来的“爱的箴言”，依照原字迹逐一铭刻在大理石上，从远处看，这些爱的字迹将构成六幅“爱的手势”。这一爱墙将作为地铁南京南站的标志性艺术品，永久性展示。4000多人在墙上留下了他们爱的语言，可以说每一句都打动人心。在这面爱墙上，除了字体各异的中文外，还有很多外国友人的手迹，甚至还有盲文、少数民族文和英文。南京南站一楼到达层的地铁1号线南京南站出口的一幅大型标语，内容为“幸福南京，地铁先行”。